El Decreto 114/2002 de 3 de noviembre, declara microrreserva de quirópteros al Túnel de Niefla. Su importancia radica en que es el refugio invernal de quirópteros (murciélagos) más importante de Castilla – La Mancha y uno de los mejores de España, ya que en el interior del túnel se cobijan una gran variedad de especies de murciélagos, llegándose a contabilizar más de 5.400 individuos durante la invernada y hasta 700 durante los pasos primaveral y otoñal.

El túnel de Niefla es probablemente el mejor refugio invernal de Europa del murciélago mediano de herradura (Rhinolophus melheyi) y el mejor refugio de España para otros dos tipos de murciélago: el murciélago grande de herradura (Rhinolophus ferrumequinum) y el murciélago de herradura mediterráneo (Rhinolophus euryale). Además es el segundo mejor en Castilla La Mancha para el murciélago de cueva (Miniopterus schreibersi).